Mientras las tropas grancolombianas desembarcaban en el puerto del Callao bajo el mando del general Antonio José de Sucre, el general Andrés de Santa Cruz, que hasta poco tiempo antes había luchado en las filas realistas, llegó a compartir las ideas libertarias de José de San Martín y fue enviado a engrosar las tropas de Sucre, iniciando su marcha hacia el Alto Perú. En agosto de 1823 ingresó en la ciudad de La Paz, y forzado a librar combate, Santa Cruz sale victorioso en la batalla de Zepita contra una división del general Valdez, el 25 de agosto de 1823.
Entre los años 1822 y 1823, la situación en el Perú se había tornado caótica: los ejércitos habían sido derrotados por los realistas y los políticos estaban sumidos en la anarquía. Con estas condiciones muy lamentables se encontró Simón Bolívar (llamado el Libertador) al Perú, cuando el 1 de septiembre de 1823 se presentó en Lima. El Congreso le otorgó la jefatura militar.
El panorama no podía ser más sombrío para los patriotas. La independencia del Perú no estaba consolidada, ya que el 29 de febrero de 1824 los realistas lograron ocupar nuevamente Lima. Pero esta vez, las conmociones políticas que vivía en España influyeron decididamente para el fraccionamiento de las tropas españolas en América.
El general Pedro Antonio Olañeta, absolutista recalcitrante, se rebeló contra el virrey La Serna, que era de tendencia liberal y constitucionalista, porque le atribuía a éste el deseo de separarse de la monarquía para liberar a Perú del absolutismo que quería imponer Olañeta.
Bolívar encontró a los realistas divididos y organizó prontamente un ejército formado por colombianos, argentinos y peruanos y el 6 de agosto de 1824, derrotó al ejército español del general José de Canterac con el coronel Manuel Isidoro Suárez en los campos de Junín. Esta victoria constituye sobre todo, el paso previo para el triunfo final en la batalla de Ayacucho. Los jefes españoles, Canterac, Valdés y De La Serna, reunidos en el Cuzco decidieron reorganizar sus fuerzas y salir al encuentro de los vencedores de Junín.
